O Git é fantástico e a ideia de ter uma versão de todos os arquivos do deploy é fantástica. Mas convenhamos se vai atualizando o repositório local incluindo, alterando os arquivos o por que não deletar os arquivos de repositório remoto ? Bom a dica abaixo é simples e não demora nem dói para ninguém executar este comando:

git ls-files --deleted -z | xargs -0 git rm 
git commit -m "update deleted"
git push -u origin BRANCH_AQUI