Depois de tanto tempo procurando encontrei um script para múltiplos arquivos que possibilita subir arquivos selecionando com control no sistema.
Para saber mais sobre o projeto
http://www.sitepen.com/blog/2008/09/02/the-dojo-toolkit-multi-file-uploader/
Demo rodando:
https://user.sitepen.com/~mwilcox/dojotoolkit/demos/uploader/demo.html?multiMode 
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