Rescentemente tive um problema no Inbox do meu Thunderbird no OSX no qual o inbox simplesmente ficou em branco. O tamanho do arquivo do inbox estava correto as mensagens estavam no arquivo porém o Thunderbird não indexava os e-mails. A correção é simples, basta seguir os passos abaixo:

Feche o Thunderbird.

Crie uma cópia de segurança do arquivo de Inbox do seu profile em um lugar seguro.

Renomeie o arquivo "Inbox" para "InboxOld".

Delete o arquivo "Inbox.msf".

Inicie o Thunderbird. Será criado um novo arquivo de Inbox em branco. Será criado também uma nova pasta no seu Thunderbird com o nome InboxOLD. Clique com o botão direiro nesta pasta e selecione a opção Compactar pasta.

Feche e abra o Thunderbird novamente o backup de sua pasta de e-mails deve estar OK.